機動新撰組

從江戶時代到明治，隨著新政府的西洋近代化方針的推行，日本發生了翻天覆地的變化。故事的舞台是正在召開〔萬國大博覽會〕的明治新京都。街上除了隨處可見的披散著頭髮，梳著明治維新以前的髮髻，穿著和服的日本人和穿著洋裝的日本人和外國人外，佩戴著〔許可證〕的妖怪也在四下飛奔著。

登錄到由官方發行的妖怪人別帳裡的妖怪人，在得到由官方發放的許可證後，可以和人類一起生活。其中，有一個專門逮捕沒有得到許可證的妖怪人，以此來捍衛京都的治安的集團在奮鬥著。他的名字就是株式會社新撰組。另一方面，時代巨變下雜亂無章的京都中，和夥伴妖怪貓丸一起剛從上海回來的青年出現了。他名叫坂本龍之介，是明治維新的英雄－—坂本龍馬的兒子……